Na problematiku podpory lze nahlížet z mnoha různých hledisek. Jednak je to dostupnost open-source řešení jako taková, dále jde o záruku podpory pro již existující aplikace a dalším hlediskem může být podpora hardwaru.
V prvním případě je jasné, že na trhu ICT panuje výrazný deficit dodavatelů, kteří by nabízeli open-source řešení. Platí to jak pro podporu budování informačního systému, tak i pro nabídku konkrétních dílčích produktů. Pracovníci IT ve veřejné správě jsou často odkázáni buď čistě na své vlastní schopnosti, nebo v nejlepším případě na podporu open-source komunity na internetu. Při snaze o ostré nasazení Open Source je tento fakt vnímán jako výrazná slabina celého konceptu.
Mnoho lidí tvrdí, že používat OSS/FS je riskantní pro nedostatek záruk, že bude příslušný software dlouhodobě udržován a jeho vývoj nebude náhle ukončen. Toto tvrzení je však zpochybnitelné. Především ani používáním proprietárního softwaru nezískáváme záruku, že jeho vývoj a podpora nebudou ukončeny. Přinejmenším existuje tzv. „životní cyklus produktu“, po jehož ukončení je organizace obvykle nucena minimálně povýšit na novější verzi produktu, což samozřejmě stojí další finanční prostředky a tím dochází k nárůstu TCO. V horším případě může být vývoj produktu ukončen, aniž by bylo zajištěno jeho následnictví, a tehdy organizaci nezbývá, než se poohlédnout po zcela jiném produktu.
Pokud půjdeme do důsledků, je využívání OSS/FS produktů možná dokonce méně riskantní. Vychází to ze samotné podstaty Open Source. V případě, že původní vývojář přestane daný produkt dále podporovat, může se ho, díky tomu, že jsou volně k dispozici zdrojové kódy produktu a licence to umožňuje, ujmout jakýkoliv jiný programátor nebo skupina a v jeho vývoji pokračovat. Pro tuto situaci lze najít dostatek příkladů. Názornou ukázkou je webový server Apache. Tento byl původně vyvíjen pod názvem NCSA. Ještě na počátku roku 1996 byl projekt NCSA nejpoužívanějších webovým serverem na světě. Když jeho autor projekt v roce 1995 opustil, komunita lidí, kteří dodávali opravy do původního projektu, se ho ujala a na jeho základě postavila nový projekt pod jménem Apache. Ten je od té doby dominujícím webovým serverem.
Problematika hardwarové podpory se netýká přímo Open Source, ale úzce s ní souvisí. Jde o podporu zařízení na linuxové platformě. Je zde sice cítit trend postupného zlepšování, většina velkých výrobců hardwaru, jako jsou například IBM, HP nebo Intel, již naprosto běžně nabízejí podporu ovladačů pro GNU/Linux, nicméně stále je ještě nutné si při výběru různých IT zařízení dávat pozor, zda je v Linuxu podporováno. Tento problém se nejcitelněji odráží například v oblasti platebních terminálů nebo čteček čipových karet. Stále totiž platí, že veškerá řešení jsou podporována primárně pro platformu MS Windows a teprve následně je řešena linuxová platforma. Je to samozřejmě dáno mírou rozšířenosti obou systémů. Je naprosto logické, že pro každého výrobce, který je závislý na objemu prodeje svých výrobků, bude vždy prioritou ta platforma, která představuje většinu na trhu.